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Au troisième chapitre de son ouvrage Pluralisme scientifique. Enjeux épistémiques et métaphysiques (2013), Stéphanie Ruphy examine la question de la représentation scientifique. Elle prend parti pour le pluralisme, mais conteste sa compatibilité avec le réalisme scientifique. Le pluralisme repose sur l'existence permanente de représentations rivales (incompatibles) d'un même phénomène ou d'un même aspect d'un phénomène, qui bénéficient d'un support empirique et d'un pouvoir explicatif comparable. L'existence de ce qu'elle appelle des cas de « pluralité incompatible permanente » repose sur le phénomène plus général de la sous-détermination des théories par l'expérience. Il est vrai que compte tenu de la sous-détermination, nos théories et représentations ne peuvent pas constituer des représentations littérales de la réalité. Mais dire cela revient seulement à remettre en question ce que nous pourrions qualifier, à la suite d'Hervé Zwirn, de « réalisme scientifique naïf ». Bien que le réalisme scientifique partage certaines intuitions du réalisme naïf, dans sa forme contemporaine, il représente une position plus nuancée qui est tout à fait compatible avec la thèse que Ruphy qualifie de pluralisme scientifique.
